El Super Mario 64 es un juego que también fue muy importante por ser el primer mundo abierto, en el que tu podías elegir que ruta hacer, lo que causó una sensación de libertad e independencia para los jugadores, acabando con la costumbre de un juego líneal en el que no puedes salir de la ruta.
Este juego contó con un total de 15 niveles abiertos principales, 4 subniveles pequeños, y 3 niveles del jefe principal(Bowser).
El juego cuenta con un total de 120 estrellas repartidas por los todos los niveles y subniveles del juego.
Los niveles principales son los más completos, contando con 7 estrellas en cada uno, y gran parte de ellos con pequeños jefes.
| Nivel | Estrellas | Jefe | Requisitos |
| Bob-omb Battlefild | 7 | Big Bob-omb
| Disponible desde el inicio |
| Whomp's Fortress | 7 | Whomp King
| 1 estrella |
| Jolly Roger Bay | 7 | No tiene
| 3 estrellas |
| Cool, Cool Mountain | 7 | No tiene
| 3 estrellas |
| Big Boo’s Haunt | 7 | Big Boo
| 12 estrellas |
| Hazy Maze Cave | 7 | No tiene
| 8 estrellas |
| Lethal Lava Land | 7 | Big Bully
| 8 estrellas |
| Shifting Sand Land | 7 | Eyerok
| 8 estrellas |
| Dire, Dire Docks | 7 | No tiene
| 30 estrellas |
| Snowman’s Land | 7 | No tiene
| 30 estrellas |
| Wet-Dry World | 7 | No tiene
| 30 estrellas |
| Tall, Tall Mountain | 7 | No tiene
| 30 estrellas |
| Tiny-Huge Island | 7 | Wiggler
| 30 estrellas |
| Tick Tock Clock | 7 | No tiene
| 50 estrellas |
| Rainbow Ride | 7 | No tiene
| 50 estrellas |
Los subniveles del juego son más reducidos, y algunos están dentro de otros nieveles principales. Estos cuentan con 1 estrella, o 2 en el caso de PSS. Y 3 de ellos tienen la capcidad de desbloquear una habilidad para Mario.
| Nivel | Estrellas | Cap desbloqueable | Requisitos |
| Princess's Secret Slide | 2 | No tiene
| 1 estrella |
| The Secret Aquarium | 1 | No tiene
| 3 estrellas |
| Tower of the Wing Cap | 1 | Wing Cap(Habilidad para volar)
| 10 estrellas |
| Vanish Cap Under the Moat | 1 | Vanish Cap(Habilidad para atravesar paredes)
| 50 estrellas |
| Cavern of the Metal Cap | 1 | Metal Cap(Habilidad para hacerse invencible y pesado)
| 8 estrellas |
| Wing Mario Over the Rainbow | 1 | No tiene
| 50 estrellas |
Finalmente hay 3 niveles de Bowser, cada uno contando con una batalla contra el antagonista. Y con una estrella extra en cada nivel por colectar las 8 monedas rojas.
| Nivel | Estrellas | Dificultad del Bowser | Requisitos |
| Bowser In the Dark World | 1 | Muy Fácil(1 throw, y sin habilidades.)
| 8 estrellas |
| Bowser In the Fire Sea | 1 | Fácil(1 throw. Habilidades: Hacer balancear el mapa, teletransportarse y tirar fuego.)
| 30 estrellas |
| Bowser In the Sky | 1 | Medio(3 throws. Habilidades: Romper el mapa, tirar fuego, sprintar y generar hondas que hacen daño.)
| 70 estrellas |